概要
本サービスは、Oxford Nanopore社製のPromethIONを採用した次世代シークエンスサービスです。PromethIONは、同社製品であるMinIONやGridIONの様にリアルタイム、ロングリード、ダイレクトなDNAシークエンスを行う技術を採用し、それらをより大規模に行うことのできる、最も高出力な装置です。群集規模のシークエンスや植物ゲノミクスのような大規模プロジェクトに最適です。
【ナノポアシークエンスについて】（
fig.1）
PromethIONの採用するシークエンステクノロジーは、電気泳動により一分子ずつナノポアを通過させるシークエンス技術です。ナノポアは超微細なサイズであるため、一度に1つの核酸重合体しか通過することができません。
並んだ塩基がナノポアを通過する際、ポア内に置かれた2つのナノ電極対の間を通る電流が1塩基ずつ異なるため、その違いを測定し、シークエンスを行っていきます。
特長
リードが少ない場合や、大きな構造変異の検出が困難な場合、ゲノムが複雑でアセンブリが難しい場合などにナノポアシークエンスが有用なツールとなります。（
fig.2）
- 統合計算により、リアルタイムのベースコール、およびそれ以降の解析が可能
- 48個のフローセルを搭載し、ハイスループットな実験が可能
- 最大1メガバイトまでの超ロングリードが可能
| PromethION |
| チャンネル数 |
144,000 |
| サンプル量 |
10pg～1μg |
| データ出力 |
6.2Tb（理論値） |
| リード長 |
最大1Mb（サンプル品質に依存） |
| 所要時間 |
48時間（平均時間） |
【ライブラリーの構築について】（
fig.3）
本サービスでは、1D Ligation Sequencing Kit（Oxford Nanopore Technologies）を使用し、ライブラリー調製を行います。この方法はバーコードの有無で2つのライブラリー構築方法に利用することができます。
サービス内容
ご送付いただきたDNAサンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。
【シークエンスプラットフォーム】
PromethION
【シークエンス量】
1サンプルあたり1Gb単位でご指定いただけます。
※海洋生物、水生生物、昆虫サンプルは、データ量の保証対象外となりますこと、ご了承ください。
【作業内容】
- サンプルQCチェック
- ライブラリー作製
- シークエンス作業
- バイオインフォマティクス解析（ご希望の場合のみ）
