Novogene / フィルジェン ID: J00603

全エクソームシークエンス 受託解析サービス ID: J00603

サービスについて

概要

全エクソームエンリッチメント解析(全エクソームシークエンス解析)では、ゲノム上のタンパク質コード領域をシークエンスします。このため、全ゲノムシークエンスの代替となる、費用対効果の高い解析法となっています。例えば、ヒト疾患と関連する遺伝子変異の多くが、タンパク質コード領域に見出されています。本サービスでは、Agilent社のSureSelectキットとillumina社のシークエンスプラットフォームを組み合わせることにより、全エクソームをシークエンスします。

特長

  • Agilent社のSureSelectキットを使用
  • ヒト、マウスにも対応
  • 有償オプションとしてバイオインフォマティクス解析も用意

サービス内容

ご送付いただいたDNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。バイオインフォマティクス解析は、提携先が用意する解析パッケージ、又はフィルジェンの提供するデータマイニングサービスからお選びいただけます。

  • シークエンスプラットフォーム
     illumina NovaSeq 6000、PE150(ヒト・マウス)
  • エクソームエンリッチメント
     ・SureSelect Human All Exon V6
     ・SureSelect Human All Exon V6+UTR
     ・SureSelect Mouse All Exon
  • シークエンス量
     ・6Gb、12Gb raw data/sample
     * QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
     * 保証量は、お申込みいただいたシークエンス量の98%となります。
     *上記データ量の他にも、シークエンス量は1Gb単位で調整可能です。
  • 作業内容
     1.サンプルQCチェック
     2.エクソームキャプチャ&ライブラリー作製
     3.シークエンス作業
     4.バイオインフォマティクス解析(有償オプション)

必要サンプル量

サンプルタイプ Amount(Qubit) 液量 濃度 純度(NanoDrop)
推奨量 最少量
ゲノムDNA ≧2μg ≧1μ ≧20μ ≧20ng/μL O.D.260/280:1.8~2.0
no degradation or RNA contamination
FFPE DNA ≧0.8μg Fragments should be longer than 1500bp
  1. 電気泳動写真を添付してください。
    * 泳動条件は、次を推奨します。:1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40min.
  2. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
  3. DNase、RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブをご使用ください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
  4. DNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE Bufferにて保存してください。
    * 長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
  5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、DNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
    * UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
  6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
  7. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、予めご了承ください。
  8. FFPE由来DNAの場合は、条件が異なりますので、お問合せください。

納品データ

  • サンプルQCレポート
  • FASTQ形式のシークエンスデータ
  • バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合)
  • プロジェクトレポート
* USB等の記録メディアにて納品いたします。
* プロジェクトによっては、納品物が変更される場合もあります。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 保証データ量/サンプル 数量 価格(税抜) 納期
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6
6Gb raw data 1サンプル以上 お問い合わせ 約1.5ヶ月間
12Gb raw data
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6+UTR
6Gb raw data
12Gb raw data
マウス全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Mouse All Exon
6Gb raw data
12Gb raw data
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6
バイオインフォマティクス解析付
6Gb raw data 約2~2.5ヶ月間
12Gb raw data
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6+UTR
バイオインフォマティクス解析付
6Gb raw data
12Gb raw data
マウス全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Mouse All Exon
バイオインフォマティクス解析付
6Gb raw data
12Gb raw data

*FFPE由来DNAサンプルの場合は、お問合せください。
*納期は、QCチェック合格後の日数です。
*年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございます事、予めご了承ください。

関連サイト