Novogene / フィルジェン ID: J00604

RNA-Seq 受託解析サービス ID: J00604

サービスについて

概要

RNA-Seqは、細胞内に含まれるmRNA分子を網羅的かつ定量的に解析します。転写産物のリード数から遺伝子発現量を定量化し、同時にその配列情報から、新規転写産物や、選択的スプライシングや融合遺伝子の検出を行う技術です。Novogene社のRNA-Seq受託解析サービスは、安価な価格と充実したバイオインフォマティクス解析が特徴です。解析対象となる生物種からご希望のデータ量を選択することができます。

特長

  • 次世代シークエンステクノロジーによる網羅的なmRNAのシークエンス
  • 真核生物用と原核生物用をご用意しています。
  • 様々なバイオインフォマティクス解析もご用意しています。(有償オプション)

サービス内容

ご送付頂いたRNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。バイオインフォマティクス解析は、フィルジェン提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ、又はフィルジェンの提供するデータマイニングサービスからお選び頂けます。

[シークエンスプラットフォーム]
illumina HiSeq6000、PE150

[シークエンス量]
・真核生物:3Gb、6Gb、9Gb、12Gb raw data/sample
・原核生物:1.2Gb、2.4Gb、raw data/sample
* QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
* 保証量は、お申し込みいただいたシークエンス量の98%となります。
* シークエンス量は、1Gb単位で調整可能です。

[作業内容]
1. サンプルQCチェック
2. mRNA濃縮
3. ライブラリー作製
4. シークエンス作製
5. バイオインフォマティクス解析(有償オプション)
* 真核生物用ではOligo(dT)beads、原核生物用では、rRNA除去によりmRNAを濃縮いたします。
* 真核生物用のライブラリータイプは、non-directionalとなりますが、starand-specificタイプにも対応いたします(別途有償)。

[バイオインフォマティクス解析]

<解析パッケージ>
真核生物では、定量化パッケージとトランスクリプトームパッケージの2種類をご用意しております。また、リファレンスデータが利用できない真核生物にも対応いたします(De Novo)。原核生物用のバイオインフォマティクス解析については、お問合せください。

定量化パッケージでは、(fig.1)(fig.2)の青色の項目の解析が実施され、トランスクリプトームパッケージでは、さらに緑色の項目の解析も実施されます。真核生物(with Reference)について、生物種がヒト又はマウスの場合は、Fusion Gene Analysisが、それ以外の生物種の場合は、Novel Gene Predictionが実施されます。
* 解析によっては、2グループ以上や生物学的リプリケートが必要となります。
* 各パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。

サンプル条件

RNA-Seqタイプ サンプルタイプ Amont 液量 濃度 RIN(Agilent2100) 純度
(NanoDropTM
真核生物用(non-directional library) TotalRNA
(Animal)
≧1μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.8
smooth base line
O.D.260/280:≧2.0
O.D.260/230:≧2.0
no degradation
no contamination
TotalRNA
(Plant and Fungus)
≧1μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.3
smooth base line
真核生物用(strand-specific library) TotalRNA
(Animal)
≧2μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.8
smooth base line
TotalRNA
(Plant and Fungus)
≧2μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.3
smooth base line
原核生物用 Total RNA ≧3μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.0
smooth base line
  1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
    * 電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 0.5% xTBE solution; 180V for 16 min.
  2. DNase、RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
  3. TotalRNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
  4. DNase処理を行うことを強く推奨します。
  5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
    * UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いRNAを準備してください。
  6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
  7. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、あらかじめご了承ください。

納品物

  • サンプルQCレポート
  • FASTQ形式のシークエンスデータ
  • バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合)
  • プロジェクトレポート
* USB等の記録メディアにて納品いたします。
* プロジェクトによって、納品物が変更される場合もあります。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス内容 数量 価格(税抜) Cat.
真核生物
RNA-Seq 受託解析サービス 3Gb raw data/sample
(20 million raw reads)
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE3-(サンプル数) 
RNA-Seq 受託解析サービス 6Gb raw data/sample
(40 million raw reads)
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE6-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 9Gb raw data/sample
(60 million raw reads)
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE9-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 12Gb raw data/sample
(80 million raw reads)
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE12-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 3Gb raw data/sample
(20 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE3D-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 6Gb raw data/sample
(40 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE6D-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 9Gb raw data/sample
(60 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE9D-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 12Gb raw data/sample
(80 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付 
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE12D-(サンプル数)
原核生物
RNA-Seq 受託解析サービス 1.2Gb raw data/sample
(8 million raw reads)
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqP1-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 2.4Gb raw data/sample
(16 million raw reads)
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqP2-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 1.2Gb raw data/sample
(8 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqP1D-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 2.4Gb raw data/sample
(16 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqP2D-(サンプル数)

*海外へのサンプル輸送費用およびHDD/USB費用が別途必要です。
*上記の真核生物用RNA-SeqのCat.#は、ライブラリータイプがnon-directionalの場合となります。


【納期】
・約1.5ヶ月(バイオインフォマティクス解析付:約2~2.5ヶ月)

*納期は、QCチェック合格後となります。
*年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。

関連サイト