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フィルジェン / フィルジェン ID: J01396

KaryoStatTM / KaryoStatTM HD Assay 受託解析サービス ID: J01396

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染色体異常を正確に検出し、全ゲノムカバレッジなジェノタイピングが行えるアッセイです。

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サービスについて

概要

本サービスでは、微量ゲノムサンプルをお送り頂き、ThermoFisher Scientific社のPSC（多能性幹細胞）核型解析アレイ「KaryoStatTM HD Assay」および「KaryoStatTM HD Assay」を用いた解析を行い、データ解析結果をご返却するサービスです。Chromosome Anlaysis Suite（ChAS）ソフトウェアを無償でお使い頂き、お客様独自の用件に基づくデータ解析とカスタムレポート作成をシンプルに行っていただくことができます。

特長

  • KaryoStatTM Assay は、G-band 核型解析の代替えとなるアッセイで、正確なジェノタイピング（サンプルID）に加え、染色体異常を正確に検出する全ゲノムカバレッジを提供します。このアッセイは、研究用途における異数性、微細な異常、モザイク現象の検出を可能にします。このアッセイはジェノタイプ情報を提供するため、三倍体の同定やヘテロ接合の欠如などのコピーニュートラル事象に役立ちます。
  • KaryoStatTM HD Assay は、ジェノタイピング（サンプルID）に加え、染色体異常の正確な検出のための高分解能ゲノムカバレッジを提供します。当該アッセイは 99％以上の感度を有し、ゲノム全体で 25-50kb のコピー数変化を高い特異性をもって検出でき、一塩基多型（SNP）対立遺伝子の検証が可能です。これらの高密度 SNP により、低レベルのモザイク現象の視覚化や、研究用のヘテロ接合性欠如（AOH）、コピー数の変化、およびゲノム汚染の同定が可能です。260万を超えるコピー数のマーカーを搭載しているため、KaryoStatTM HD Assayはすべての OMIMTMおよび RefSeq遺伝子をカバーしています。
  • KaryoStatTM AssayとKaryoStatTM HD Assayの比較
    - KaryoStatTM Assay KaryoStatTM HD Assay
    Gain ＞2Mb ＞25～50kb
    ロス ＞1Mb ＞25～50kb
    ヘテロ接合性の欠如（AOH） ＞5Mb ＞1Mb
    SNP 可 可
    カバレッジ 低 最高
  • 無償提供の解析ソフトウェア： ChAS（Chromosome Analysis Suite）（fig.1）
    Chromosome Analysis Suite（ChAS）ソフトウェアは、細胞遺伝学の専門家からの情報提供を受けて開発されたため、細胞遺伝学研究の解析とレポートに適合しています。合理化され、直感的に利用できる解析ワークフロー、多重グラフィックビュー、理解しやすいグラフィックインターフェースで表示される柔軟性の高い解析オプションなどを特長としています。簡単に使用できるChromosome Analysis Suite（ChAS） で、お客様独自の要件に基づくデータ解析とカスタムレポート作成をシンプルに行うことができます。

fig.1 ChAS（Chromosome Analysis Suite）

仕様

【KaryoStatTM HD Assay】
約75万個のジェノタイピング可能なSNPにより、Genotype callを可能とし、さらには正確な切断点の推定、高解像度のヘテロ接合性消失（LOH）の決定、片親性イソダイソミー（UPD）および同組的領域の検出、低レベルのモザイク現象の可視化、トリプロイディーの検出促進、および不均一性の測定も可能です。また、Constitutional、Cancer、OMIM、RefSeq遺伝子が1枚のアレイに搭載されているため、包括的な解析が可能です。

核型分析 vs マイクロアレイ 核型分析 Array-CGH Karyo Stat HD
解像度 ＞10Mb 50～100kb 25kb
LOH（ヘテロ接合性欠失） - SNP数に依存 ＋＋＋
Copy neutral LOH
（コピー数変化のないLOH）		 - SNP数に依存 ＋＋＋
CN（コピー数）
gain / loss		 ＋（大きな異常） ＋＋＋ ＋＋＋
モザイク ＋ ＋＋ ＋＋＋
コピー数マーカーの数 マーカー間隔の平均（塩基対）
コピー数マーカーの総数 2,696,550 遺伝子内（以下のすべての遺伝子内） 880
　非多型マーカーの数 1,953,246 　ISCA constitutional genes 384
　SNPマーカーの数 743,304 　Cancer genes 553
遺伝子型を同定可能なSNPマーカー総数 749,157 　OMIM Morbid genes 659
ゲノムビルド Hg19 　X Chromosome OMIM Morbid genes 486
常染色体マーカー 2,491,915 　RefSeq genes 880
偽常染色体マーカー 4,624 遺伝子間（非遺伝子バックボーン） 1,737
遺伝子内マーカー 1,410,535 全体（遺伝子及び非遺伝子バックボーン） 1,148
遺伝子間マーカー 1,286,015

ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス名 サンプル数 税別価格/サンプル カタログナンバー
KaryoStatTM HD Assay 受託解析サービス 10サンプル以上からの受注受付 ￥266,000 F-905404-（サンプル数）
KaryoStatTM Assay 受託解析サービス 10サンプル以上からの受注受付 ￥142,000 F-905403-（サンプル数）
オプション
ゲノムDNA抽出作業/1サンプル 「DNA・RNA抽出受託サービス」のページをご参照ください。

＊ 上記受託解析の価格には、アレイの価格も含んでいます。
＊ 上記価格には、ゲノムDNAの品質チェックの費用は含まれておりません。
　 品質チェックをご希望の場合は、「￥5,000（税抜）/サンプル」の追加料金が必要となります。
　 ゲノムDNA量が少ない場合は、アガロース電気泳動による品質チェックをご希望の場合でも、チェックができませんので、予めご了承ください。

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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