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日本ジェネティクス / 日本ジェネティクス ID: J01810

PacBio Sequel Ⅱ シーケンシングサービス ID: J01810

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PacBio Sequel Ⅱを用いたロングリードシーケンスサービスです。

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サービスについて

PacBio SequelⅡe バクテリア全ゲノムシーケンス（相乗りプラン）

  • サービス仕様
    ・シーケンサー：PacBio SequelⅡe
    ・納品データ：BAMファイル形式
    ・納品方法： HDD納品

    本サービスは、サンプル種限定の相乗りシーケンスとなります。
    別サンプル種等では、対応出来ないサービスとなりますので、ご留意ください。
  • サンプル要件
    ライブラリー調製に使用するKitをご確認の上、下記条件のDNAをご準備ください。
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    ライブラリー調製キット サンプルの状態 サンプル量 Average size（BP）
    SMRTbell prep. kit 3.0(Microbial Library) gDNA 4.1µg以上 >15,000bp 以上

    • 電気泳動で確認した際に分解がなく、スメアが見られないこと。
    • Average SizeはFemto Pulse System(Agilent社)を使用し、DNA断片を測定した際の平均の長さとなります。
    • QCで2-3 μL使用致しますので、液量は10 μL以上を目安に多めにお送りください。

  • データ解析
    ・データ解析1（De novo Assemble）
    ・データ解析2（Gene Prediction/Annotation）
    ＊ データ解析２を実施する場合、データ解析1の実施が必須となります。
  • デモレポート
    De novo Assembly＋Annotationに関して以下をご参照ください。

    - 真核生物
    PacBio De novo Eukaryote sample report

    - 原核生物
    PacBio De novo Prokaryote sample report

PacBio Sequel Ⅱ RNAサンプル

  • サービス仕様
    ・シーケンサー：PacBio SequelⅡ
    ・納品データ：BAMファイル形式
    ・納品方法： HDD納品

    本サービスは、Cellを買い取っていただき、シーケンスを行うサービスとなります。
    相乗りシーケンスは対応できません。

    【取得データ量について】
    以下データ量は、Polymerase Read Bases（シーケンスされたすべてのベース数）での表記となります。
    また、サンプルの状態、生物種によっても取得できるデータ量は異なりますので、参考値であることご留意ください。

    ・SequelⅡ：300 Gb前後
  • サンプル要件
    ライブラリータイプ ライブラリー調製キット サンプルの状態 サンプル量 RIN rRNA ratio
    PacBio Sequel Library PacBio Sequel Iso-Seq Library Construction Total RNA 0.600µg 7 1
  • データ解析
    ・リファレンスあり
    ・リファレンスなし Setting
    ・リファレンスなし Analysis

PacBio Sequel Ⅱ DNAサンプル

  • サービス仕様
    ・シーケンサー：PacBio SequelⅡ_CCS Mode（HiFi）
    ・納品データ：BAMファイル形式
    ・納品方法： HDD納品

    本サービスは、Cellを買い取っていただき、シーケンスを行うサービスとなります。
    相乗りシーケンスは対応できません。

    【取得データ量について】
    以下データ量は、Polymerase Read Bases（シーケンスされたすべてのベース数）での表記となります。
    また、サンプルの状態、生物種によっても取得できるデータ量は異なりますので、参考値であることご留意ください。

    ・CCS Mode：Hi-Fiリード15-25 Gb（Polymerase Read 300 Gb以上）
  • サンプル要件
    ライブラリー調製に使用するKitをご確認の上、下記条件のDNAをご準備ください。
    GQNは40 kb以上を基準にしており、2.0の場合は全体の20％以上のDNAが40 kb以上であることを示します。

    ライブラリータイプ ライブラリー調製キット サンプルの状態 サンプル量 Average size（BP）
    PacBio SequelⅡ Library HiFi（10 kb - 25 kb） gDNA 8.1 µg >25,000
  • データ解析
    ・データ解析1（De novo Assemble）
    ・データ解析2（Gene Prediction/Annotation）
    ・データ解析A（Mapping、Variant call）
    ・データ解析B（SV/CNV）

    ＊ データ解析２を実施する場合、データ解析1の実施が必須となります。
    ＊ データ解析Aは、CCS mode（Hi-Fiリード）のみ対応です。
    ＊ データ解析Bを実施する場合、データ解析Aの実施が必須となります。
  • デモレポート
    De novo Assembly＋Annotationに関して以下をご参照ください。

    - 真核生物
    PacBio De novo Eukaryote sample report

    - 原核生物
    PacBio De novo Prokaryote sample report

    - illuminaシーケンサーのデータと併せてエラー補正を行う場合（＊）
    PacBio Error Correction sample report
    ＊こちらの解析をご希望の場合は、別途ご相談ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
PacBio SequelⅡe バクテリア全ゲノムシーケンス（相乗りプラン） お問い合わせ 解析なし：6週間前後
解析あり：解析なしの6週間前後に加えて、以下の解析期間を要します。
　　　　　・De novo Assembly：ゲノムサイズに依存します。
　　　　　・バクテリアの場合：+1週間程度
PacBio Sequel Ⅱ RNAサンプル お問い合わせ 解析なし：6週間前後
解析あり：解析なしの6週間前後に加えて、＋2週間（計8週間前後）
PacBio Sequel Ⅱ DNAサンプル お問い合わせ 解析なし：6週間前後
解析あり：解析なしの6週間前後に加えて、以下の解析期間を要します。
　　　　　・De novo Assembly：ゲノムサイズに依存します。
　　　　　・バクテリア：+1週間程度
　　　　　・真核生物（ゲノムサイズがGb単位の場合）：+1～2ヶ月程度
　　　　　・SV解析：+1～2週間程度

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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