概要
siRNAの設計は、RNAi実験を行う上で非常に重要な要素の一つとなっています。
本サービスでは、高度なアルゴリズムにより標的遺伝子に対するsiRNAの配列をデザインし、2本のPAGEグレードsiRNAの合成行ったうちのいずれか1本がmRNAレベルで70%の抑制を示すことを保証した"Gene Swatter siRNA"をご提供いたします（＊1）。ご提供したsiRNAがいずれもmRNAレベルで70%以上の抑制を示さなかった場合は無償で再デザイン・再合成を行います（＊2,＊3）。
もちろん、デザインしたsiRNAの配列情報は全てお知らせいたします。
＊1 標的遺伝子の配列によっては、mRNAレベルで70％の抑制を示す配列をデザインすることができない場合があります。
その際は詳細をご報告してご相談させて頂きますが、場合によっては手数料のみ頂くことがございます。
＊2 納品後、3ヶ月以内にご使用いただいたsiRNAが対象となります。
＊3 再デザイン・再合成を行う場合には、以下のデータをご提供いただき、ニッポンジーンにて検討させていただきます。
a）発現効率を示すReal-Time PCRまたはノーザンブロッティングなどのデータ
b）コントロールsiRNAなどを用いたトランスフェクション効率についてのデータ
c）その他、こちらより必要と思われるデータについてお伺いする場合があります。
サービス内容
- Gene Swatter siRNAデザイン法
配列設計には、三菱電機ソフトウエア株式会社との提携により、siRNA配列設計専用ソフト「siSNIPER」を使用しております。 「siSNIPER」では、siRNAを5つの指標でスコア化し、それらを総合することによって高精度な遺伝子抑制効果の予測を実現しております。
| Profile Score | 活性のあったsiRNAに共通する配列の特徴を表すプロファイルを利用します。 |
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| Load Score | siRNA内部のエネルギー安定性により生じる偏りを利用します。 |
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| GC Score | 実験データから得られたsiRNAのGC含有率と活性の高さとの関係によりスコア化します。 |
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| Position Score | ターゲットのmRNA中での位置と活性の高さとの関係によりスコア化します。 |
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| Specificity Score | ゲノム中での配列の特異性をスコア化して、Off-target effectを回避します。 |
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- オプション
その他、ご要望に応じたオプションサービスも用意しております。
［オプション例］
・遺伝子ファミリー内の特異的ノックダウン（ファミリー内のoff-targetの排除）
・遺伝子ファミリー内の共通配列の選択（ファミリー内のノックダウン）
・中程度の抑制（50％程度の抑制）の選択等
