特長
- 次世代シーケンサーを用いたメタゲノムのショットガンシーケンス
- 菌種組成および菌叢の持つ機能を解明
- 糞便等様々なサンプルからのDNA抽出にも対応可能
- LEfSeを用いた統計比較解析、共起ネットワーク解析など充実の情報解析
サービス内容
メタゲノムDNAからショットガンライブラリーを作製後、イルミナシーケンサーを用いてシーケンスデータを取得します。取得したリードについて、データベース配列へマッピングし、菌種組成を算出します。群間比較にて群に特徴的な菌種情報の取得と、共起ネットワーク解析により菌叢の量的変化の相関を見ることも可能です。
また同時にアセンブル・遺伝子予測により、菌叢の持つ代謝機能（遺伝子組成）を見ることも可能です。
Bacteriaだけでなく
Archaea、Viruses（二本鎖DNAウイルス）、
fungi、
Microbial eukaryotes（藻類やプロトゾア）も解析対象に含まれます。
納品物
- 作業報告書
- シーケンスデータ一式
- 系統分類・機能解析結果一式
受入サンプル
- 生体サンプル等
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サンプル量 |
温度 |
| 糞便 |
目安：200mg程度（小豆大）程度（＊） |
冷凍 |
＊ 採取・送付方法について事前にお問い合わせください。
- ゲノムDNA
以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
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サンプル量 |
濃度 |
液量（目安） |
純度 |
| OD260/OD280 |
OD260/OD230 |
| ゲノムDNA |
200ng以上 |
5ng/μL以上 |
40μL以上 |
1.6以上 |
・上記基準に満たない場合や土壌などの環境サンプルの場合は、別途お問い合わせください。
・DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer：10mM Tris-HCl、0.1mM EDTA pH8.0に溶解してください。
・電気泳動（1％ゲル）にて10～20kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。
【サンプル送付容器について】
・ゲノムDNAサンプルは、1.5mLチューブでご提供ください。0.5 mlチューブ、PCRチューブ、8連チューブでの提供はご遠慮ください。
24検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。
＊ プレートはタカラバイオ社より提供可能（無償）です。ご希望の方はお問い合わせください。
＜推奨プレートおよびシール＞
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
・タイタースティックHCフィルム（WATSON社, No. 547-KTS-HC）
