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ユーロフィンジェノミクス / ユーロフィンジェノミクス ID: J01112

次世代シーケンス de novo ゲノム解析 ID: J01112

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ゲノム配列がわかっていない生物のゲノム配列を構築します。

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サービスについて

サービス内容

  • de novo ゲノム解析（PacBio RSII）

    PacBio RSIIは、前処理のPCR増幅を行わない1分子によるリアルタイム（SMRT）解析です。 P6C4系に対応し、20kbサイズを目安に可能な限り大きなライブラリサイズで調製を行います。より大きなギャップのクローズが期待できます。 de novoゲノム解析に最適なロングリードによるシーケンスです。

    ・データ量：1SMRT Cellあたり0.4Gb以上
    ・最大リード長：40kb以上
    ・ライブラリサイズ：20kb

    1. 受領したDNAサンプルについて、品質確認（サンプルQC）を行います。
    2. DNAを断片化後、BluePippinによるサイズセレクションを行います。
    3. 磁気ビーズによるDNA精製後、20kbを目安に可能な限り大きいインサートサイズのSMRT Bellライブラリ調製を行います。
    4. 調製したライブラリーをPacBio RSII P6C4系 SMRT cellによりシーケンシングします。
    5. （オプション解析）HGAPによりde novoアセンブルを行います。

    ＊ PacBio RSII 次世代シーケンシングサービスは、リード数、リード長、総解析塩基数、データ品質、納期について、
    ユーロフィンジェノミクス社にて一切の保証をすることができません。
  • de novo ゲノム解析（PacBio Sequel）

    PacBio Sequelは、従来のPacBio RSIIの平均約7倍以上の高出力なシーケンシングです。
    RSIIの従来の特徴（前処理のPCR増幅を行わない1分子によるリアルタイム（SMRT）解析や、20kbサイズを目安に可能な限り大きなライブラリサイズの調製）はそのままに、ゲノムサイズが大きな微生物でもde novoゲノム解析が行いやすくなりました。

    ・データ量：1SMRT Cellあたり3～5Gb
    ・最大リード長：40kb以上
    ・ライブラリサイズ：20kb

    ・高出力のSequelによるシーケンシング
    　ゲノムサイズが大きな微生物でも利用しやすく！
    　従来のRSIIで10セルが必要だった微生物では、Sequelを使うと3セルでシーケンス可能に！

    ・1分子によるリアルタイム解析
    　前処理のPCRを伴わない1分子によるリアルタイム（SMRT）解析

    ・20kbサイズを目安に可能な限り大きなライブラリサイズ
    　de novo ゲノム解析に最適

    1. 受領したDNAサンプルについて、品質確認（サンプルQC）を行います。
    2. DNAを断片化後、BluePippinによるサイズセレクションを行います。
    3. 磁気ビーズによるDNA精製後、20kbを目安に可能な限り大きいインサートサイズのSMRT Bellライブラリ調製を行います。
    4. 調製したライブラリーをPacBio Sequel P6C4系 SMRT cellによりシーケンシングします。

    ＊ PacBio Sequel 次世代シーケンシングサービスは、リード数、リード長、総解析塩基数、データ品質、納期について、ユーロフィンジェノミクス社にて一切の保証をすることができません。

サンプル条件

  • de novo ゲノム解析（PacBio RSII）

    DNAサンプルのご準備に際しての注意事項は以下の通りです。

    ・高品質のゲノムDNAを20μg以上（濃度は100～300ng/μL）ご調製ください。
    ・核酸定量は、蛍光測定法をお勧めします。サンプル量が規定量に満たない場合はご相談ください。
    ・DNAサンプルはEDTAを含まないバッファーに溶解してください。
    ・電気泳動にてサンプルに分解がないことをご確認ください。
    ・RNAのコンタミネーションがないことを確認してください（RNase処理を推奨）。
    ・冷蔵もしくは冷凍便にて送付してください。
  • de novo ゲノム解析（PacBio Sequel）

    DNAサンプルのご準備に際しての注意事項は以下の通りです。

    ・高品質のゲノムDNAを20μg以上（濃度は100～300ng/μL）ご調製ください。
    ・核酸定量は、蛍光測定法をお勧めします。サンプル量が規定量に満たない場合はご相談ください。
    ・DNAサンプルはEDTAを含まないバッファーに溶解してください。
    ・電気泳動にてサンプルに分解がないことをご確認ください。
    ・RNAのコンタミネーションがないことを確認してください（RNase処理を推奨）。
    ・冷蔵もしくは冷凍便にて送付してください。

納品物

  • de novo ゲノム解析（PacBio RSII）

    ＜解析なしの場合＞
    ・PacBio RSIIシーケンサの出力データ（bas.h5形式、bas.x5形式）
    ・リード配列及び各塩基のクオリティデータ（FASTA形式、FASTQ形式）
    ・シーケンス及びデータ解析結果のサマリーレポートファイル（PDF形式）

    ＜解析ありの場合＞
    ・PacBio RSIIシーケンサの出力データ（bas.h5形式、bas.x5形式）
    ・リード配列及び各塩基のクオリティデータ（FASTA形式、FASTQ形式）
    ・de novoアセンブル解析により得られたコンティグ配列データ（FASTA形式）
    ・シーケンス及びデータ解析結果のサマリーレポートファイル（PDF形式）
  • de novo ゲノム解析（PacBio Sequel）

    ・PacBio Sequelシーケンサの出力データ（BAM形式）
    ・シーケンス結果のサマリーレポートファイル（PDF形式）

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

de novoゲノム解析（PacBio RS II）
  • サンプルQC、SMRT Bellライブラリ調製、出荷費用を含みます
  • PacBio RS II 20kbを目安として可能な限り大きいSMRT Bellライブラリ調製
    最大40kb/read、1SMRT Cell,0.4～0.5Gb/total
サービス名 参考価格（税抜） 納期
de novoゲノム解析（PacBio RS II）
バイオインフォマティックス解析：なし		 ￥220,000 10～12週
de novoゲノム解析（PacBio RS II）
バイオインフォマティックス解析：de novoアセンブル解析		 ￥340,000 10～12週
de novoゲノム解析（PacBio Sequel）
  • サンプルQC、SMRT Bellライブラリ調製、出荷費用を含みます
  • PacBio Sequel v2 chemistry
    20kbを目安として可能な限り大きいSMRT Bellライブラリ調製
    最大40kb/read、1SMRT Cell,3～5Gb/total
サービス名 参考価格（税抜） 納期
de novoゲノム解析（PacBio Sequel）
バイオインフォマティックス解析：なし＊
＊バイオインフォマティックス解析（De novoアセンブル解析）の価格は
生物種やゲノムサイズなどの条件によって異なってきますのご相談ください。		 お問い合わせ 10～12週

その他、詳細はお問い合わせください。

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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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