ご要望に応じて、最適なプランをご提案いたします。
| データ量 | 3,000万リード/4.5Gb |
|---|---|
| 作業内容 | ・送付サンプル（トータルRNA）の品質確認 ・原核生物のrRNA除去 ・シーケンスライブラリー作製 ・シーケンシング解析（DNBSEQ 150bpペアエンド解析） |
| 納品物 | 以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。 ・報告書 ・シーケンス生データ（fastq形式） ・DDBJのデータベース登録に必要なデータ ＊ データ量が多い場合はHDD納品となり、HDD代として別途￥10,000（税抜）がかかります。 お手持ちのHDDを送付いただき、そちらに保存して納品することも可能です。 【HDD納品となる目安】生データ納品の場合は200Gb、データ解析ありの場合は100Gb |
| ご提供サンプル | トータルRNA1μg以上 （＞50ng/μL、＞20μL） ＊滅菌水に溶解した状態で冷凍便を使用して送付ください。 ＊1μg以上のトータルRNAがご用意できない場合は、ご相談ください。 |
| 項目 | 備考 | 価格（税抜） | 追加納期 | |
|---|---|---|---|---|
| RNA抽出 | QIAGEN社のRNeasy等を使用して、トータルRNAを抽出します。 ▼ ご提供サンプル量の目安 細菌 細胞数 1×10^9程度、湿重量 20 mg程度 酵母 細胞数 5×10^7程度、湿重量 25 mg程度 植物（葉） 湿重量 50 mg程度、直径1.5cm 動物細胞 細胞数 1×10^7程度、湿重量 20 mg程度 動物組織 湿重量 20 mg程度 ▼サンプルの保管温度と送付方法 ◇ RNAlaterなどの核酸保存液に浸す場合 採取後すぐにサンプルに核酸保存液を添加します。 一晩は冷蔵保管（4℃）し、翌日に冷凍（-20℃）保管にします。 送付時は、冷凍便を利用しドライアイスは同梱せずに送付してください。 （RNAlater は-20℃以下で凍結してしまうため） ◇ 核酸保存液を添加しない場合 採取後すぐにサンプルを-80℃保管します。 送付時は、冷凍便を利用し、必ずドライアイスを同梱してください。 |
￥20,000/ サンプル | 5営業日 | |
| データ解析 | アセンブル・マッピング | Trinity によるアセンブルを行い、Contigを提供します。 同時に、各配列にマップされたリード数を提供します（下記参照）。 |
8サンプルまで一律 ￥100,000 9サンプル以上の場合、 1サンプルあたり+￥12,500 |
8サンプルまで10営業日 9～20サンプル：15営業日 21～40サンプル：20営業日 41サンプル～：お問い合わせ |
| アセンブル・マッピング・ 遺伝子予測・機能解析 |
アセンブルによって得られたドラフト配列に対して、 prokka（ソフトウ ェア）によるオートアノテーションを行います。KEGG解析を用いて、 予測されたタンパク質の機能的分類を行います（下記参照）。 |
8サンプルまで一律 ￥200,000 9サンプル以上の場合、 1サンプルあたり+￥25,000 |
8サンプルまで20営業日 9～20サンプル：30営業日 21～40サンプル：40営業日 41サンプル～：お問い合わせ |
| サービス項目 | 価格（税抜） | 納期 |
|---|---|---|
| メタトランスクリプト―ム解析サービス | ￥65,000/サンプル | 25営業日 |
| 項目 | 価格（税抜） | 納期 |
|---|---|---|
| 特定生物由来のリードの除去 | ￥50,000 ＊8サンプルまでの固定価格 9サンプル以降は追加料金￥6,250/1サンプル |
＋2営業日 ＊ 9～20サンプルは3営業日、21～40サンプルは4営業日、41サンプル以上は要相談 |
| アセンブル・マッピング | ￥100,000 ＊8サンプルまでの固定価格 9サンプル以降は追加料金￥12,500/1サンプル |
＋2週間 ＊ 9～20サンプルは3週間、21～40サンプルは4週間、41サンプル以上は要相談 |
| アセンブル・マッピング・遺伝子予測・機能解析 | ￥200,000 ＊8サンプルまでの固定価格 9サンプル以降は追加料金￥25,000/1サンプル |
＋4週間 ＊ 9～20サンプルは6週間、21～40サンプルは8週間、41サンプル以上は要相談 |
データ解析（オプション）の説明（fig.1）
生リードから低品質塩基の除去を行った後、アセンブルを行い、コンティグ(配列断片)を取得します。得られた配列断片に対し、高品質のリードをマッピングし、各配列断片とマップされたリード数の対応表を作成します。
さらに遺伝子予測・機能解析では、配列断片から細菌の遺伝子を予測します。その後、予測された遺伝子配列はKEGGデータベースの配列と比較し、機能的な注釈を付加します。
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