KOTAI バイオテクノロジーズ / KOTAI バイオテクノロジーズ ID: J01546

シングルセルRNA-Seq ID: J01546

サービスについて

概要

シングルセル 3’RNA-seq解析では個々の細胞にそれぞれ異なるバーコードを付与することで、細胞ごとの遺伝子発現を調べることができます。標準的なRNA-Seqでは全細胞における平均的な遺伝子発現を検出するのに対し、シングルセル 3’RNA-seqでは、細胞ごとのmRNA遺伝子発現を高感度に検出することが可能です。

KOTAI バイオテクノロジーズ社は日本で唯一の10x Genomics社認証プロバイダーであり、高品質かつスピーディーなシングルセルライブラリー作製サービスを、リーズナブルな価格でご提供いたします。
お客様から細胞をご送付いただき、シングルセルRNA-seqのライブラリーを作製します。ご要望に応じて、シーケンスやバイオインフォマティクス情報解析も行います。

シングルセルRNA-seqの特徴

  • 同一細胞内のmRNA発現を同定可能
  • 希少な細胞腫やmRNA発現を検出
  • 細胞の不均一性を解析

サービスの流れ(fig.1

バイオインフォマティクス解析

LoupeBrowser(10x Genomics社製ソフト)や独自パイプライン等を用いた解析(fig.2)(fig.3)(fig.4

サンプル調整のフロー

10x Genomics社のChromium Next GEM Single Cell 3ʹ Reagent Kitsを使用し以下のフローでサンプルを調整します。

細胞凍結 細胞分散した後、40μmのフィルターを通しセルバンカー等の凍結溶液で凍結保存してください。凍結融解後に以下の条件を満たすことを事前にご確認ください。
・細胞数100万細胞以上
・生存率80%以上
・細胞サイズは直径30μm以下
細胞溶解・セルカウント 細胞受領後、セルカウンターによる細胞数・生存率測定
シングルセル単離 オイルと水のドロップレットにより細胞を1つ1つに単離
細胞1つにつき1種類のバーコード配列がドロップレットに含まれる
ライブラリー作製 cDNA合成・PCR増幅
シーケンス 5,000細胞以上解析・リード数5,000/細胞以上(レパトア)、リード数3万/細胞以上を基準にしてシーケンス
データ解析 Cell RangerでFastq解析
・Estimated Number of Cells
・Mean Reads per Cell
・Median Genes per Cell
・Reads Mapped Confidently to Genome (%)
・Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions
・Fraction Antibody Reads (%)
・Reads Mapped Confidently to Intronic Regions (%)
・Reads Mapped Confidently to Exonic Regions (%)
・Reads Mapped Confidently to Transcriptome (%)
・Reads Mapped Antisense to Gene (%)

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

受託内容 価格(税抜) おおよその納期
10x Chromium Single Cell 3’RNA-seq(実験+シーケンス+解析) ¥880,000 6週間
10x Chromium Single Cell Multiome
ATAC + Gene Expression(実験+シーケンス+解析)
¥1,450,000 8週間
死細胞除去オプション ¥50,000 お問い合わせ
Totalseq抗体オプション2サンプル
(実験+シーケンス+解析)
¥80,000 お問い合わせ
核抽出方法最適化(細胞/組織) 細胞:¥60,000
組織:¥120,000
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