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シングルセルレパトア解析 ID: J01547

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1細胞単位のTCR / BCR発現を調べることができ、TCR α鎖 / β鎖あるいはBCR H鎖 / L鎖のペアを検出することができます。

カテゴリ

サービスについて

概要

シングルセルレパトア解析では個々のT細胞 / B細胞のmRNAにそれぞれ異なるバーコードを付けることで、1細胞単位のTCR / BCR 発現を調べることができます。
標準的なレパトア解析では全細胞のTCR / BCR発現を包括的に解析しますが、シングルセルレパトア解析では、細胞ごとに高感度にレパトア発現を検出することができ、TCR / BCR 二量体配列の組み合わせも検出可能です。
なお、シングルセルレパトア解析に加え、シングルセル 5’RNA-Seqも実施可能です。

KOTAI バイオテクノロジーズ社は日本で唯一の10x Genomics社認証プロバイダーであり、高品質かつスピーディーなシングルセルライブラリー作製サービスを、リーズナブルな価格でご提供いたします。
お客様から細胞をご送付いただき、シングルセルレパトアライブラリーを作製します。ご要望に応じて、シーケンスやバイオインフォマティクス情報解析も行います。

特徴

希少なTCR / BCR（Ig）発現を検出
細胞ごとのTCR / BCR（Ig）が同定可能
BCR（Ig）のH鎖 / L鎖または、TCRのα鎖 / β鎖配列のペア解析が可能
TCR / BCR解析と併せてシングルセル 5’RNA-seqも実施可能

サービスの流れ（fig.1）

fig.1 サービスの流れ

バイオインフォマティクス解析

LoupeBrowser（10x Genomics社製ソフト）等を用いた解析（fig.2）（fig.3）（fig.4）（fig.5）

fig.2 クラスタリング結果（UMAP）

fig.3 各クラスタの発現遺伝子（Heatmap）＋Cluster-specific genes

fig.4 各遺伝子発現解析（UMAP）

fig.5 VDJ情報を追加し解析した遺伝子ごとの細胞割合

サンプル調整のフロー

10x Genomics社のChromium Single Cell V(D)J Reagent Kitsを使用し、以下のフローでサンプルを調整します。

細胞凍結	細胞分散した後、40μmのフィルターを通しセルバンカー等の凍結溶液で凍結保存してください。凍結融解後に以下の条件を満たすことを事前にご確認ください。・細胞数100万細胞以上・生存率80%以上・細胞サイズは直径30μm以下
細胞溶解・セルカウント	細胞受領後、セルカウンターによる細胞数・生存率測定
シングルセル単離	オイルと水のドロップレットにより細胞を1つ1つに単離細胞1つにつき1種類のバーコード配列がドロップレットに含まれる
ライブラリー作製	cDNA合成・PCR増幅
シーケンス	5,000細胞以上解析・リード数5,000/細胞以上（レパトア）、リード数2万/細胞以上（5’RNA-Seq。5’RNA-Seqも同時に行う場合）を基準にしてシーケンス
データ解析	Cell RangerでFastq解析・Estimated Number of Cells ・Mean Reads per Cell ・Number of Cells With Productive V-J Spanning Pair ・Cells With Productive V-J Spanning Pair (%) ・Paired Clonotype Diversity ・Cells With CDR3-annotated Contig (%) ・Cells With V-J Spanning Contig (%)

ご注文に関して

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参考価格・納期

受託内容		価格（税抜）	おおよその納期
ライブラリーの作製	シングルセル 5’TCRseq or BCRseq	お問い合わせ	3週間
	シングルセル 5’TCRseq＋BCRseq
	シングルセル5’RNA-seq＋TCRseq or BCRseq
	シングルセル5’RNA-seq＋TCRseq＋BCRseq
ライブラリーの作製＋シーケンス＋Cell Ranger解析			6週間
ライブラリーの作製＋シーケンス＋より高度なバイオインフォマティクス情報解析			3ヶ月～

受託オンラインCommissioned Research Online株式会社薬研社 株式会社薬研社