日本ジェネティクス / 日本ジェネティクス ID: J01672

微生物全ゲノムシーケンス ID: J01672

サービスについて

サービス仕様

  • シーケンシング:NovaSeq 6000 / PE150
  • 納品データ:fastqファイル形式
  • 納品方法:データダウンロード(100Gb未満)

ライブラリー調製方法

  • NEBNext® UltraTM DNA Library Prep Kit

PCR-freeのメリットとデメリットについて

  • PCR-freeのメリット
    ・PCRエラーやバイアスを無視できます。
    ・Duplication Rateが低く、ターゲット領域で、均一なカバレッジが得られることが期待できる。
  • PCR-freeのデメリット
    ・お送りいただくDNA量が多く必要となる。
      PCRありの場合:300ng以上(最低量)
      PCRフリーの場合:1.5µg以上(最低量)

    対して、PCRありの場合は、PCRエラーの影響を受ける可能性がありますが、PCR-freeよりも、少量のサンプル量からご依頼いただくことが可能です。
    詳細については、サンプル要件の項をご確認ください。

解析メニュー(オプション)

MBWGデータ解析 クリーンデータ
クリーンデータ(CatNo. NV-CLEAN)をご依頼いただくと、以下の作業を行います。

1)オーバラップやアダプターダイマー等により、読み取ったアダプター配列の除去。
2)低質リード(Qphred ≦ 5の塩基数が全体リードの50%以上を占めるリード)の除去。
*Qphred=-10log10(e)塩基配列識別の正確性を示す単位。
3)塩基配列不明(N)が10%を超えるリードの除去。

*クリーンデータ後のデータは、fastqファイル形式となります。
*クリーンデータ前後のデータ両方を納品させていただきます。

サンプル要件

<微生物全ゲノムシーケンス>
  • DNA量:300ng以上
  • 濃度:15ng/µL以上
  • 液量:20µL以上
  • 純度:OD260/280 = 1.8~2.0

DNAの分解、RNAのコンタミがないこと。

<微生物全ゲノムシーケンス(PCR-free)>
  • DNA量:1.5ng以上
  • 濃度:10ng/µL以上
  • 液量:20µL以上
  • 純度:OD260/280 = 1.8~2.0、DNAの分解、RNAのコンタミがないこと。
<微生物全ゲノムシーケンス(PCR-free)>
  • DNA量:1.5ng以上
  • 濃度:10ng/µL以上
  • 液量:20µL以上
  • 純度:OD260/280 = 1.8~2.0、DNAの分解、RNAのコンタミがないこと。
* 本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
  記載のサンプル量の2倍の量が、推奨量となります。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
微生物全ゲノムシーケンス お問い合わせ サンプルQC合格後30営業日
微生物全ゲノムシーケンス(PCR-free) お問い合わせ サンプルQC合格後20営業日

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