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アメリエフ / アメリエフ ID: J01984

空間的遺伝子発現解析 ID: J01984

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Stereo-seqTMを用いた空間座標バーコーディングと遺伝子発現測定

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サービスについて

概要

「空間的遺伝子発現解析」は、組織における遺伝子発現を、細胞の位置情報を保ったまま捉えることができる技術です。組織切片画像と組み合わせて解析することで、従来のシングルセルRNA-seq解析では不明瞭であった組織中の細胞動態を、一細胞レベルで検出できます。特に、がんをはじめとする疾患の深い理解に繋がることから、病理学の分野で注目を集めています。

サービス内容

【WET】空間的遺伝子発現解析
  • Stereo-seqTM 技術（STOmics®）を用いた空間座標バーコーディングと遺伝子発現測定
  • MGI社 DNBSEQ-G400、またはT7によるシーケンシング（10-15M paired-end reads / 検体）
【DRY】バイオインフォマティクス解析
  • 解析レポート、中間報告および最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化・空間座標上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot）
  • サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析）
  • 擬似系譜解析（Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化）

データ解析内容（fig.1）


fig.1 データ解析：例

空間的遺伝子発現解析 サンプル要件 / 注意事項

サンプルタイプ：OCT凍結包埋新鮮組織
  • 生物種：ヒト、マウス（それ以外は要相談）
  • 組織溶解条件の確認
    　凍結切片（厚さ10μm）の作成と専用チップChip Pへのマウント
    　別途切片3～5枚程度を凍結保管（RNA抽出して品質を確認）
  • 転写物解析用の実験
    　凍結切片（厚さ10μm）の作成と専用チップChip Tへのマウント

    • 納品物

    下記に加え、目的に応じて実施した高次解析の結果を納品いたします。
    • 解析結果の中間報告資料（PDF）
    • 解析結果の最終レポート（PDF）
    • データ解析結果（PDF、Excel）

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