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Biomarker Technologies(BMKGene) / フィルジェン ID: J02097

ショットガンメタゲノムシークエンス 受託解析サービス ID: J02097

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ショットガンメタゲノミクスは、機能ゲノミクスの視点も提供し、コード化された遺伝子と生態学的プロセスにおけるそれらの推定される役割の探索を可能にします。

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サービスについて

概要

メタゲノムとは、環境メタゲノムやヒトメタゲノムの様な、生物の混合群集の全遺伝物質の集合体です。メタゲノムには、培養可能な微生物と培養不可能な微生物の両方のゲノムが含まれます。NGS によるショットガンメタゲノムシークエンシングでは、分類学的プロファイリングのみなら、種の多様性、存在量ダイナミクス、複雑な集団構造に関する詳細な洞察を提供することで、環境サンプルに埋め込まれたこれらの複雑なゲノムランドスケープの研究を可能にします。分類学研究の枠を超えて、ショットガンメタゲノミクスは、機能ゲノミクスの視点も提供し、コード化された遺伝子と生態学的プロセスにおけるそれらの推定される役割の探索を可能にします。最後に、遺伝的要素と環境要因との相関ネットワークを確立することは、微生物群集とその生態学的背景との間の複雑な相互作用の総合的な理解に貢献します。結論として、メタゲノムシークエンシングは、多様な微生物群集のゲノムの複雑さを解明し、これらの複雑な生態系における遺伝学と生態学の多面的な関係を明らかにするための極めて重要な手段となります。

特長

  • 微生物群集プロファイリングのための単離および培養が不要
    培養不可能な生物からの遺伝物質のシークエンシングが可能
  • 高分解能
    環境サンプル中の低存在種の検出が可能
  • 包括的バイオインフォマティクス解析（有償オプション）
    分類学上の多様性だけでなく、コミュニティの機能的多様性にも焦点を当てています。
  • 豊富な経験
    様々な研究領域で複数のメタゲノミクスプロジェクトを成功させ、10,000以上サンプルを処理してきた実績があります。

サービス内容

ご送付頂いた DNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。

【シークエンスパラメーターとデータ解析内容】
シークエンスプラットフォームIllumina NovaSeq または、DNBSeq T7
シークエンス条件PE150
推奨データ出力量6～20Gb
データ品質管理Q30≧85％
データ解析
  1. シークエンスデータ QC
  2. メタゲノムアセンブリと遺伝子予測
  3. 遺伝子アノテーション
  4. 分類額上のα多様性解析
  5. 群集の機能解析：生物学的機能、代謝、抗生物質耐性
  6. 機能的多様性と分類学的多様性の両方に関する解析
    β多様性解析
    グループ間解析
    相関分析： 環境要因とOUT組成および多様性の関係

＊推奨データ出力量は、参考値です。
＊QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
＊パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。


【作業内容】
  1. サンプル QC チェック
  2. ライブラリー作製
  3. シークエンス作製
  4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション）

【解析データ例】
Functional analysis： CARD antibiotic resistance（fig.1）
Differential analysis of KEGG metabolic pathways： heatmap of significant pathways（fig.2）
Alpha diversity of taxonomic distribution： ACE index（fig.3）
Beta diversity of taxonomic distribution： PCoA（fig.4）

fig.1 Functional analysis

fig.2 Differential analysis of KEGG metabolic pathways

fig.3 Alpha diversity of taxonomic distribution

fig.4 Beta diversity of taxonomic distribution

納品物

  • サンプル QC レポート
  • FASTQ 形式のシークエンスデータ
  • バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
  • プロジェクトレポート
＊USB等の記録メディアにて納品いたします。
＊プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。

サンプル条件

サンプル種類量（Qubit）液体濃度純度（NanoDropTM）
Genomic DNA≧60ng≧30μg≧2ng/μLO.D.260/280=1.6-2.5

＊gDNA 抽出からの作業をご希望の場合は、お問合せください。

  1. DNase、RNase フリーの1.5mLまたは2mL（推奨）のチューブを使用してください。
  2. Nuclease-free waterまたはTE Bufferにて-20℃以下で保存してください。
  3. RNase 処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
    UV スペクトルベースの濃度測定法では、DNA濃度が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
    ＊UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
  4. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
  5. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 データ量（＊1） サンプル数 価格（税抜）（＊2） 納期（＊3）
動植物 de novo ゲノムシークエンス受託解析サービス お問い合わせ 1サンプル以上 お問い合わせ 約1.5～2ヶ月
動植物 de novo ゲノムシークエンス受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き 		お問い合わせ 1サンプル以上 お問い合わせ 約2～2.5ヶ月

＊1 ご希望のデータ量をご指定ください。データ量は、1サンプルあたり1Gb単位でご指定いただけます。
＊2 海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。
＊3 納期は、QCチェック合格後となります。
　　年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。

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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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