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北海道システム・サイエンス / 北海道システム・サイエンス ID: J02183

次世代シーケンス　CRISPRスクリーニング解析 ID: J02183

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CRISPRスクリーニングで機能性遺伝子を網羅探索

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サービスについて

概要

CRISPR gRNAライブラリを使用したゲノムワイドスクリーニングにご利用いただける次世代シーケンス解析サービスです。gRNA領域のPCR産物をご提供いただき、ディープシーケンス、gRNAのリードカウントを行います。（fig.1）

fig.1 解析概要

サービス内容



【データ量について】
データ量は、リードペア数 x リード長 x 2（ペア）となります。150bpで1,000万リードペアを読む場合、10,000,000 x 150bp x 2 = 3,000,000,000 b = 3Gb となります。

また、リードペア数 / gRNAの種類数 = カバレッジ となります。CRISPRスクリーニング解析には、一般的に x100 ～ 500 カバレッジ程度の深度が推奨されています。

例えば、12万種類のgRNAライブラリについて平均100カバレッジとなるデータを取得するには、12万 x 100 = 1,200万 リードペアとなり、データ量は 12,000,000 x 150bp x 2 = 3.6Gbのように計算します。

ご使用のgRNAライブラリの種類数、および、ご希望のカバレッジに応じて取得データ量（リードペア数）を ご設定ください。

納品データ

品名 内容 形式 詳細
書面 作業報告書 － 作業内容の概要
Sequencing Report － シーケンスデータに関する解説書
記録メディア
・DVD-R
・USBメモリ
・HDD　等		 シーケンスデータ fastq / txt / xlsx シーケンスで得られた配列データと対応するクオリティスコア（fastq）、および、シーケンスのサマリー情報
PreProcessingデータ fastq / txt / xlsx データQCやトリミングなどの前処理を行ったデータ、および、前処理のサマリー情報
gRNAカウントデータ txt / xlsx MAGeCKプログラムを使用して算出した、各検体のgRNAのカウントデータ（fig.2）
検体比較結果 txt / xlsx MAGeCKプログラムを使用して算出した、検体間・群間の比較結果（fig.3）（fig.4）
リファレンス情報 txt 解析に使用した、gRNAライブラリの配列情報
パラメータシート txt 解析に使用したプログラムと条件値の一覧
Analysis Report pdf データ解析に関する解説書
付加情報 pdf fastq閲覧用のフリーソフトのご案内や、ライブラリ構造の図解

fig.2 gRNAのリードカウントテーブル

fig.3 gRNAのカウント比較テーブル

fig.4 遺伝子のnegative/positive selection情報

ご用意いただくもの

  1. 【サンプル】gRNA領域のPCR産物
    PCR産物の構造

    fig.5 PCR産物の構造
    1. 北海道システム・サイエンス社指定のリンカー配列（＊配列はお問い合わせください）を付加したプライマーでPCRを実施し、そのPCR産物（リンカー配列付き）をご提供ください。
    2. リンカー配列を除くインサートサイズは200～400bp程度、その内5’側の100bp以内にgRNA領域を含むようプライマーを設計してください。（fig.5 参照）
    3. ご提供いただくPCR産物の量は5ng（0.2ng/μL）以上を目安にご用意ください。
    4. PCR産物は精製を行い、プライマーや非特異的産物を除去してください。

    1st PCRに使用する鋳型量について
    CRISPRスクリーニング実験でNGS解析を実施する際に行う1st PCRでは、スクリーニング処理後の細胞内に含まれるsgRNAのバリエーションを充分にカバーするため、ゲノム抽出の際の細胞数や1st PCRに投入する鋳型の量を検討する必要があります。
    ヒトやマウスの1細胞内に含まれるゲノムDNA重量は約6.6～7pgと見積もられますので、例えば約5万種類のsgRNAライブラリを対象として、全sgRNAの種類数に対し300～500カバレッジを想定する場合、鋳型の必要量は約100ug程度と見積もられます。
    ご利用のsgRNAやスクリーニング条件に応じて、必要な鋳型量を算出し、PCRボリュームや反応本数を適宜調整してください。
    コントロールサンプルについて
    検体のgRNAリードカウントはコントロールサンプルが無くても可能ですが、スクリーニングによるゲノム編集への影響を比較検証するためには、スクリーニング前（gRNAエンリッチ前）のコントロールサンプルについても同時にデータ取得することをお勧めいたします。
    コントロールサンプルは、トランスフェクション後の培養細胞のday0（未処理）サンプルや、トランスフェクション前のgRNAライブラリなどが使用されます。
  2. 【参照データ】gRNAリスト
    gRNAリードカウントには、gRNAライブラリの配列情報が必須となります。
    購入先のURLやカタログ番号等、配列情報の入手経路をご教示いただくか、下表のようなID、配列、対象遺伝子の対応表をご提供ください。

    gRNAリストの例
    gRNA ID gRNA配列 Gene
    ID_0001 AAATACAAACAACTCTGAG GeneA
    ID_0002 GAAGTGTCCCAGGGCGAGG GeneB
    ID_0003 ACTCTATCACATCACACTG GeneC
  3. 【記入書類】注文書
    下記より注文書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。

ご注文に関して

以下のファイルをご利用の上、お問い合わせフォーム からご送付ください。

専用注文書類
次世代シーケンス_Illumina注文書（CRISPRスクリーニング解析用） (Excel)
次世代シーケンス_Illumina注文書（調製済みライブラリ用） (Excel)

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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