概要
KOTAIバイオテクノロジーズでは、KOTAIバイオテクノロジーズが生成したデータに限らず、他施設で取得されたシングルセル（核）RNAシーケンスデータや空間トランスクリプトームデータを用いて、バイオインフォマティクス解析を承っております。
各種のデータ解析について、典型的な解析内容のセット「標準解析」や「追加オプション」メニューをご用意しております。
| データの種類 |
解析メニュー |
シングルセル（核）RNA-seq |
●標準解析
- データのQC・フィルタリング
- 複数サンプルデータの統合と次元削減（UMAP）
- クラスタリング、各クラスタのマーカー遺伝子同定
- 細胞アノテーション
- 変動遺伝子解析（群間比較）
- Gene Ontology解析（ヒト・マウスのみ）
●追加オプション
- VDJレパトア解析
- Cell-cell communication解析
- Trajectory (Pseudotime) 解析
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| Visium HD |
| Xenium |
解析オプションの内容は随時更新しておりますので、詳細はお問合せください。
上記の標準解析とオプションメニュー以外でもカスタム解析については必要に応じて個別にご相談を承ります。
また、実施可能な解析内容は生物種やデータの詳細に依存する場合がありますので、事前にお気軽にご相談ください。
サービスの流れ
シングルセルRNA-seqや空間トランスクリプトームデータの解析では、「解析を実施したが解釈が難しい・次のステップにどのように繋げれば良いかわからない」というお声を多くいただきます。弊社の標準解析メニューは、そのような問題を回避し、解析結果がお客様の研究に有意義なものとなるように最大限配慮して設計されております。
具体的には、解析開始前の段階で、サンプルの情報とともにサンプルの組織や含まれる細胞種についても考慮し、細胞アノテーションに向けて計画的に解析を実施します。細胞アノテーション推定実施後、お客様と共同で（データをインタラクティブに確認いただきながら）、細胞種名の確認・修正を行います（＊1）。
その他解析結果にご納得いただけるよう、必要に応じてミーティングやメールでの説明にも対応いたします。
＊1 シングルセルや空間トランスクリプトームの技術特性によって、遺伝子発現の検出感度や特異性、ノイズの程度が異なります。検出された遺伝子発現量や細胞数が少ない場合やノイズが多いデータの場合には、明確な細胞アノテーションが困難であったり、統計的解析に耐えうる十分な細胞数/データ量が残らない場合があります。検出遺伝子数や細胞数が少ない、あるいはノイズが多いデータの解析結果は、お客様のご期待に沿わない可能性があることをご了承ください。なお、そのような状況を避けるためにも、シングルセルや空間トランスクリプトームデータ生成前の早い段階から、データ解析も考慮にいれた実験設計が重要です。実験からデータ解析までを考慮にいれたご相談にも対応しておりますので、お気軽にお問い合わせください。（
fig.1）
解析例
Cell Ranger（10x Genomics社製ソフト）等を用いた解析（
fig.2）（
fig.3）（
fig.4）（
fig.5）
