概要
高効率かつ高精度にRNA結合タンパク質（RNA-binding protein、RBP）の標的RNAを同定する受託サービスです。タンパク質－RNA間の相互作用をトランスクリプトームワイドかつ正確に解析することが可能です。
＊ Eclipse BioInnovations社の、
in vitro転写されたRNAのflexibilityを高解像度で予測できるeSHAPE RNA解析受託サービスは
こちらをご参照下さい。
＊ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
特長
- 標準的なCLIP法と比較してライブラリー調製効率が1,000倍向上します。
- 実験の成功率が向上し、無駄なシークエンスデータが減少します。
- シグナル / ノイズ比の大幅な改善により、真のin vivoターゲットを同定できます。
- 紫外線によって細胞内のRBP-RNA複合体を架橋する（細胞試料の場合はお客様自身で実施）。
- 試料からRBP-RNA複合体を抽出し、RNAの断片化処理を行う
- RBP-RNA複合体を抗RBP抗体（＊1）によって免疫沈降する。
- RBP-RNA複合体中のRNA末端を修復しアダプター配列を付加する。
- RBP-RNA複合体をSDS-PAGEで分離した後、メンブレンへ転写する。
- RBPを除去し、RNA断片のみを回収する。
- 逆転写およびアダプター配列の付加を経て、ライブラリー化する。
- 次世代シークエンサーによって解析する。
＊1 抗RBP抗体はEclipse BioInnovations社にて別途購入（費用はお客様のご負担となります）、またはお客様ご自身でご用意いただきます。
＊ Eclipse BioInnovations社において使用実績のある抗体のリストは
こちらをご覧下さい（Eclipse BioInnovations社へリンクしています）。
抗体バリデーションサービス（オプションサービス）
RBP-RNA複合体の免疫沈降に用いる抗RBP抗体としてEclipse BioInnovations社で検証済みのもの以外の抗体を用いる場合に、事前に抗体が機能するか検証するサービスです。
＊ 詳細はお問い合わせ下さい。
解析例
・既知のRNA結合モチーフの検証例（
fig.2）
RNA結合タンパク質として知られているRBFOX2が結合するRNAを解析した例。
RBFOX2の既知の結合モチーフであるUGCAUGを含むNADSYN1遺伝子上に顕著なピークが検出された。
・トランスクリプトーム全体にわたる標的RNA配列の同定（
fig.3）
4種類のRBP（IGF2BP1、PRPF8、PTBP1、U2AF2）について、IL1R1遺伝子転写産物上の結合部位を同定した例。RBPの種類によって異なる部位にピークが検出された。エクソン、イントロン、非翻訳領域（UTR）を含むコードRNAおよびlincRNA、マイクロRNA、レトロトランスポゾンを含む非コードRNAの両方の、全ての遺伝子領域にわたってRBP標的結合部位を同定することができる。
