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ZYMO RESEARCH / フナコシ ID: J00033

5-mC Sequencing ID: J00033

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DNAメチル化解析受託サービス

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サービスについて

概要

エピジェネティクス分野で最先端を進んできたZymoResearch社の次世代シークエンシングを用いたエピジェネティクス解析受託サービスです。

＊ 任意の遺伝子配列に対してバイサルファイトシークエンシングを行う受託サービス
　 「MethylCheck Targeted Sequencing for DNA Methylation Analysis」については、こちらをご覧ください。
＊各種メチル化解析受託サービス、創薬支援サービスをまとめてご紹介したエピジェネティクスカタログ＜受託サービス＞ページについては
　 こちらをご覧ください。

特長

  • 包括的で論文化に対応したバイオインフォマティクス遺伝子発現解析レポートをご提供します。
  • Spike-In controlにより、全試料においてデータの品質が保証されています。
  • 少量のリファレンスゲノムで、あらゆる生物種に対応します。

サービス内容

QCデータおよび基本的なシークエンシング結果をご提供するBasic Serviceと、それらに加えてバイオインフォマティクス解析を加えたFull Serviceからご選択いただけます。
＊ DNA抽出はサービスパッケージには含まれていません。必要な場合は、「標準的QCにおけるDNA抽出」の追加オプションサービスをご利用下さい。

  • Classic RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing）受託サービス
    ほぼすべてのCpGアイランドと遺伝子プロモーターを効率的に検出するゲノムワイドな解析です。平均最小網羅率の5～10倍に相当する1,500,000～2,000,000部位（ヒトゲノムの場合）を効率的に解析します。
    ＊ Classic RRBS受託サービスに対してCpG部位の網羅率を約2倍に引き上げて平均3,000,000～4,000,000部位（ヒトゲノムの場合）としたMethyl-MiniSeq受託サービスもご選択いただけます。より多くのバイオマーカーの探索に有用です。
  • WGBS（Whole Genome Bisulfite Sequencing）受託サービス
    あまり一般的ではないCHGおよびCHH配列部位（HはA、T、Cを示す）を含む全ゲノムにわたるDNAメチル化のパターンや状態（Methylome）を解析します。
    サービス項目 Classic RRBS
    Service Package    		 WGBS
    Service Package    		 Whole Genome
    Service Package
    Basic Service Full Service Basic Service Full Service Basic Service
    サービスコード Q1001 Q1011 Q1005 Q1013 Q1004
    試料の調製とQC評価 ● ● ● ● ●
    亜硫酸水素塩処理 ● ● ● ● −
    ライブラリーの調製およびQC評価 ● ● ● ● ●
    データ作成 ●（＊1） ●（＊1） ●（＊2） ●（＊2） ●
    生データのアライメント、メチル化コーリングおよびゲノムブラウザートラック ●（＊3） ●（＊3） ● （＊3） ●（＊3） −
    統計比較 − ●（＊4） − ●（＊4） −
    バイオリンプロット − ● − ● −
    DNAメチル化概要プロット − ● − ● −
    注釈付き差次的メチル化領域 (DMR) 分析 − ● − ● −
    クラスタリング ヒートマップ解析 − ● − ● −

    ＊1 約30,000,000 reads / sample
    ＊2 約400,000,000 reads / sample
    ＊3 メチル化トラックとリードトラックを含む。
    ＊4 対応する染色体位置、遺伝子名、プロモーター領域、およびCpGアイランドの注釈、および最も差のあるメチル化シトシンをリストアップした表を含む。

オプション受託サービスパッケージ

サービス項目 標準的QCにおけるDNA抽出 各試料におけるIn-situ Spike-in Control
サービスコード Q1008 －
サービス内容
  • DNAの抽出
  • Nano-dropまたはQubitを用いた定量 / 品質評価
  • Tapestationを用いた定性評価
  • 試料のQC
  • 亜硫酸水素塩処理
  • プライマー設計とqPCRによる検証
  • 標的の増幅
  • NGS（ライブラリーの調製とシークエンシング）
  • バイオインフォマティクス分析（アライメント、メチル化コーリング、試料・グループの比較）

結果報告書

下記の内容が含まれます。
サービスの分類 Basic service Full service
結果報告書の内容
  • QCの詳細なシークンスデータ
  • 統計解析結果の概要
  • M-biasプロット
  • ゲノム領域の概要の棒グラフ
  • DNAメチル化スパイクインコントロールの概要と図
  • 差異メチル化部位 （DMS）
  • 差異メチル化領域 （DMR）
  • 遺伝子の内容
  • ヒートマップクラスタリング
  • メチル化値のバイオリンプロット
サンプルレポート Basic serviceのサンプルレポート Full serviceのサンプルレポート

ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
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