特長
ゲノム解析［ゲノム解析 HiSeq Xバリュープライス］
ゲノム情報が利用可能な生物種の変異・バリアントの探索を目的とした、ゲノムリシーケンシング解析を行います。 ゲノム情報が利用できない生物種でも、バイオインフォマティクス解析なしのゲノムシーケンスまでは行います。
- 標準ゲノムショットガン：インサートサイズ350bp
- カスタムゲノムショットガン：インサートサイズ550bp
- バイオインフォマティクス解析：参照ゲノム配列へのマッピング、変異候補探索、変異候補部位のアノテ ーション付与
サービス内容
- 受領したDNAサンプルについて、品質確認（サンプルQC）を行います。
- ご指定のサイズにDNAを断片化後、サイズセレクションを行います（＊1）
- 断片化したDNAにアダプターを付加し、ゲノムショットガンライブラリーを調製します。
- 調製したライブラリーをシーケンシングします。
- （オプション解析）参照ゲノムにマッピングした後、変異箇所の抽出などの解析が可能です。
＊1 DNAの断片化及びサイズセレクション
・ゲノムショットガンライブラリ調製：350bpインサート（
fig.1）
ゲノムDNAをサンプルとしてお預かりして調製する、標準のゲノムショットガンライブラリとなります。物理的切断によりゲノムDNAを約350bpの大きさに切断し、所定のアダプタを付加することにより、ゲノムショットガンライブラリを調製します。HiSeq X 2x150bp解析では、インサート長平均350bpのゲノムインサートの両端150bpをシーケンシングします。
・ゲノムショットガンライブラリ調製： 550bpインサート（
fig.1）
標準では350bpのインサートサイズのゲノムショットガンライブラリですが、550bpのインサートサイズのカスタムサイズのゲノムショットガンライブラリを調製することも可能です。標準350bpよりも長いインサートサイズのライブラリをシーケンシング解析することで、de novoアセンブルの精度向上の可能性が高まります。HiSeq X 2x150bp解析では、インサート長平均550bpのゲノムインサートの両端150bpをシーケンシングします。
