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理研ジェネシス / 理研ジェネシス ID: J01377

融合遺伝子解析 Fusion Gene ID: J01377

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2種類のソフトウェアでRNA-Seqのペアエンドリード配列から効率的な融合遺伝子の検出を行います。

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サービスについて

概要

融合遺伝子は、あるタイプのがんでは顕著な特徴となっており、分子標的医薬のターゲットとして着目されています。がん細胞などに由来する転写産物の配列を網羅的に決定した後、それらの配列情報から融合遺伝子を探索します。

特長

  • RNA-Seqにより取得されたペアエンドリード配列を用いて、融合遺伝子を検出。
  • 発現している融合遺伝子を効率良く探索。
  • Transcriptome Sequencingと組み合わせた解析も可能。

サービス内容

  • 解析結果（fig.1）

    シーケンス解析により取得したペアエンドリード配列から、ソフトウェア（STAR-Fusion）を使用して、融合遺伝子を検出します。
    検出された融合遺伝子の情報（Pfam domain、インフレームか否かの判定結果、breakpoint前後の配列、ゲノム位置などの詳細情報）をサマリーレポートと検出結果リストで、支持リードの状況をHTML形式のファイルでご提出します。

    fig.1 解析結果
  • 解析例

    ライブラリ作製キット TruSeq Stranded mRNA Library Prep
    機種 NovaSeq 6000
    平均リード数 / サンプル 約100Mリード以上
    シーケンス方法 Paired End / Multiplex
    バイオインフォマティクス解析 融合遺伝子の探索
    納期 品質評価通過後、約3ヶ月（＊）

    ＊ 同時に解析を行うサンプル数が多い場合には、別途お打ち合わせの上決定いたします。

納品物

  • 解析報告書
  • データHDD：リード情報（FASTQ）、サマリーレポート（PDF）、検出結果リスト(Excel)、支持リード情報(HTML)

サンプル条件

ライブラリ作製キット TruSeq Stranded mRNA Library Prep TruSeq RNA Exome
サンプルの種類 精製Total RNA 精製Total RNA
RNA量 3μg 0.5μg
濃度（＊1） 65ng/μL以上 20ng/μL以上
RIN値（＊2） 7以上 -（＊3）

＊1 サンプルの定量はAgilent 2100バイオアナライザまたはAgilent 2200 TapeStationを用いた方法を推奨しております。
＊2 サンプルの（バイオアナライザによる）電気泳動図がお手元にある場合にはご提出をお願いします。
＊3 200nt以上のRNA断片が50%以上（DV200≥50％）の品質を推奨しています。

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参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
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  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
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