概要
細菌がもつ16S rRNA遺伝子をPCRにて増幅し、次世代シーケンサーで解析することで、検体に含まれる細菌の種類や分布を解析（菌叢解析）します。腸内細菌や口腔内細菌などの分布を網羅的に評価することができます。
細菌の種類を同定するためには、これまで選択培地による増菌やキャピラリーシーケンサーによる個別のシーケンス解析が必要でした。しかし細菌によっては増菌できないものがあること、大量の解析を行うには不向きであるなど問題がありました。細菌がもつ16S rRNA遺伝子は、タンパクの翻訳に関わる重要な遺伝子であるため、細菌の種類を超えて比較的保存されている領域です。また細菌の種類ごとに安定であることから、16S rRNA遺伝子を解析し、データベースと照らし合わせることで、種類を同定することができます。
［原理］16S rRNA菌叢解析
遺伝子長が約1.5kbpの16S rRNAには、細菌の種類ごとに配列が異なるV領域が9ヶ所（V1～V9）あります。V1～V2領域もしくはV3～V4領域に対する特異的プライマーを設計し、PCRを行うことで、500bp程度の増幅産物となります。実際には次世代シーケンサーで解析するために必要なアダプター配列を付加したプライマーセットを用いて増幅し、その後にIndex PCRにて任意の識別配列、シーケンス配列を付加することで、Miseqでのシーケンスランが可能となります。得られたシーケンスデータを専用解析ソフトにて解析し、菌叢の一次解析（系統樹、分布図）を出力します（
fig.1）。ご希望に合わせて二次解析（主成分分析、α多様性解析）も承ります。
特長
- 次世代シーケンサーを用いたDNA シーケンス解析を行い、細菌の種類や分布を評価します。
- 検体をお預かりし、Repertoire GenesisにてgDNA抽出、PCR、シーケンス解析、データ解析を行い、報告書を納品致します。
［用途例］
- 腸内細菌叢の解析
腸内細菌叢の変化が消化管免疫に影響を与えることが近年報告されています。さらに悪性黒色腫患者において腸内細菌叢と免疫系が関連することも示唆されており、がん免疫の分野においても菌叢解析の有用性が評価されています。
- 口腔内細菌叢の解析
口腔内には多くの細菌がいることが知られており、口腔内疾患との関連だけでなく、細菌性心内膜炎や糖尿病などの全身性疾患にも関連することが報告されています。口腔内の菌叢解析を行うことでこれらの評価を行うことができます。
サービス内容
- サービスの流れ
- お見積もり
検体種類、検体数、納期をお伺いし、お見積もりを提出します。
- ご発注
お見積もり内容をご確認の上、お客様からご発注のご連絡をいただきます。
- 検体発送
お客様がRepertoire Genesisに検体を発送します。
- DNA抽出、PCR
お預かりした検体よりgDNAを抽出し、品質チェックを行います。品質に問題がある際はご連絡させて頂く場合がございます。その後に16S rRNA領域をPCRで増幅します。
- シーケンス解析
次世代シーケンサーを用いて、シーケンス解析を実施致します。
- データ解析
専用バイオインフォマティクスソフトを用いて、菌叢の分布を評価します。
- 納品
データ解析が完了した時点でお客様にご連絡、解析結果を報告書とDVDにて納品いたします。
ご提供いただくもの
- 糞便、唾液など菌が多数含まれる検体
- 生体内洗浄液、手術検体（＊）
- 発酵食品、環境（土壌、水、空気）検体等
腸内細菌の場合は糞便、口腔内細菌の場合は唾液の採取となります。
このほかにも菌叢が存在する検体でしたら承りますのでご連絡ください。
＊ 細菌由来のgDNAが全gDNA量の0.5％未満の場合、増幅が困難な場合がございます。
実施可能か検討致しますので、ご注文の前に必ずお問い合わせください。
菌叢解析の注意点として、検体は必ず冷凍で保管、輸送してください。温度が上昇すると菌叢が変化する可能性があり、正しく評価を行うことができません。 詳しい検体採取方法につきましては、Repertoire Genesisまでご連絡ください。
