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株式会社薬研社

ID: J00745
ID: J00745
アンテグラル / マクロジェン・ジャパン

RNAシーケンス (RNA-Seq)

次世代シーケンシングを用いた発現解析をご提供します。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > miRNA-Seq(miRNAシーケンス解析・small RNA発現解析)

サービスについて

概要

RNA-Seq(RNAシーケンス)は、次世代シーケンスを用いて取得したリードの情報(生データ)をデータ解析することで、遺伝子の発現量が解析できる手法です。
fig.1

リファレンス配列のある生物種だけでなく、リファレンス配列のない生物種においても遺伝子発現解析の実施が可能です。このように配列未知の生物種に対してもアプローチが可能である点は、既存の手法であるマイクロアレイとは大きく異なる点になります。
また、一般的な手法では、total RNA のご提供を頂き、polyA を利用して mRNA を回収してサンプル調製を進めますが、polyA が無い生物種である場合には、リボソーマルRNAを除去する手法(リボゼロ処理)を利用してサンプル調製を進めます。

上記(fig.2)のように、シーケンスを行うためのサンプル前処理法やシーケンスに用いる装置、データ解析の手法を最適化することで、下記のような様々なアプリケーションにも対応が可能です。
  • 微生物のRNA-Seq(リボゼロ処理)
  • total RNA-Seq(リボセロ処理)
  • 微量サンプルの RNA-Seq(SMARTerによる増幅)
  • Iso-Seq(PacBioを利用)
  • small RNA-Seq(miRNA-Seq)

仕様

RNA-Seq(PolyAによる回収)
<代表的な仕様>
・ご提供サンプル:total RNA (1 microG 以上)
・ライブラリ調製:TruSeq Stranded mRNA Library Prep(PolyA による回収)
・シーケンス条件:NovaSeq6000, 100bp, paired end, 4 Gb/sample
・データ解析  :リファレンス配列に対するマッピング、発現値算出、発現比較

<内容>
ヒト・マウスなどのpolyAを持つ mRNA を対象とした解析になります。
リファレンス配列の無い生物種である場合、得られたリードをde novo アセンブル・BLAST検索することで、リファレンス配列を作成して解析を進めることが可能です。

微生物のRNA-Seq(リボゼロ処理)
<代表的な仕様>
・ご提供サンプル:total RNA (1 microG 以上)
・ライブラリ調製:TruSeq stranded mRNA Library(bacteria)
・シーケンス条件:NovaSeq6000, 100bp, paired end, 4 Gb/sample
・データ解析  :リファレンス配列に対するマッピング、発現値算出、発現比較

<内容>
polyAの無いmRNAを持つ微生物のRNA-Seqを実施する場合は、通常の手法ではサンプル調製が出来ません。微生物由来のサンプルの場合、リボソーマルRNAを除去する手法でライブラリ調製を行います。

total RNA-Seq(リボセロ処理)
<代表的な仕様>
・ご提供サンプル:total RNA (1 microG 以上)
・ライブラリ調製:TruSeq Stranded total RNA Library Prep Kit with RiboZero kit
・シーケンス条件:NovaSeq6000, 100bp, paired end, 10 Gb/sample
・データ解析  :リファレンス配列に対するマッピング、発現値算出、発現比較

<内容>
ヒトやマウス由来のサンプルであっても、non-coding RNAやlncRNAと呼ばれるpolyAの無いRNAを対象にした解析を希望される場合に用いる手法になります。Total RNA からリボソーマル RNA を除去してライブラリ調製を進めます。
10Gb/sample 程度のデータを取得することをお勧めしております。

微量サンプルの RNA-Seq(SMARTerによる増幅)
<代表的な仕様>
・ご提供サンプル:total RNA (0.01μg 以上)
・ライブラリ調製:SMARTer Ultra low RNA Kit + TruSeq library construction
・シーケンス条件:NovaSeq6000, 4 Gb/サンプル, 100 bp, paired end
・データ解析  :リファレンス配列に対するマッピング、発現値算出、発現比較

<内容>
微量サンプルの場合には、SMARTer を用いた増幅を含む仕様でライブラリ調製を進めることが可能です。10ng 程度の微量なサンプルからでもデータを取得できる可能性があります。
ただ、こちらのSMRTer による増幅は、結果をお約束してお受けすることが出来ません。
万が一、良好な結果が得られない場合でも費用が必要になりますので、ご理解を頂いた上で、ご検討をお願いします。

Iso-Seq(PacBioを利用)fig.3
<代表的な仕様>
・ご提供サンプル:total RNA (2microG 以上)v ・ライブラリ調製:Sequel Iso-Seq Library Construction
・シーケンス条件:PacBio Sequel、1 SMRT Cell (取得データ量の目安 20~25Gb)
・データ解析  :クラスタリング、マッピング

<内容>
スプライシングバリアントの解析が目的である場合には、数十kbのロングリードのシーケンスが可能なPacBioを用いた Ise-Seq の対応が可能です。 Illumina社に代表されるショートリードのシーケンサーでは、アイソフォーム(スプライシングバリアント)の判別が困難です。一方、ロングリードのPacBioシーケンスでは、1つのリードで mRNA 分子全体を網羅することができる(mRNAの全長を 1リードでシーケンスできる)ため、多様なアイソフォームが混在する場合でも、それらを見分けることができ、アイソフォームごとの発現解析を実施することが可能です。

small RNA-Seq(miRNA-Seq)
<代表的な仕様>
・ご提供サンプル:total RNA(3microG以上)
・ライブラリ調製:TruSeq Small RNA Library キット
・シーケンス条件:Illumina HiSeq2500, 50SE, 1 lane/複数サンプル
・データ解析:あり(発現値算出、発現量比較)

<内容>
18~30塩基程度のsmall RNAの両端にアダプターを付加し、シーケンスを行うことで、small RNAの同定と発現量を解析するサービスです。
検出できるダイナミックレンジが広いので、miRNAなどのsmall RNAの発現量を調べたい場合に有効です。

ご注文に関して

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製品カタログ・リーフレット

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
RNAシーケンス (RNA-Seq) お問い合わせ お問い合わせ

目安の納期は、サンプル受領から品質チェックの結果のご報告までが 1~2週間程度、
品質チェックの通過からシーケンスの完了までが 6~8 週間程度、データ解析が2週間程度の見込みです。

サンプル受領のタイミングや取得したデータによっては、納期が前後する場合がありますので、ご了承ください。


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
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※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。