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Novogene / フィルジェン ID: J00601

PacBio Sequel II 受託解析サービス ID: J00601

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平均4Kb以上のロングリード解析！

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サービスについて

概要

Pacific Biosciences of California（PacBio）社の基盤技術SMRT®（一分子リアルタイム）シークエンスは、PCR増幅工程が不要で、GC含有量に関わらず幅広いゲノム領域で均一なシークエンス結果を得ることができます。微生物などの新規ゲノム解析やコンティグ配列の整列などの解析に対応可能です。

特長

  • 長いリード長：数十キロベース長のリードにより、新規ゲノムのアセンブルや転写産物の全長配列情報が得られます。
  • 高いコンセンサス精度：系統誤差（規則的なエラー）のないシークエンシングにより、99.999％を超えるコンセンサス精度が達成されます。
  • 均一なカバレッジ：GC含量に左右されず、シークエンス全体にわたって均一なデータカバレッジを得ることができます。
  • 一分子の解像度：native DNA分子からは、99.99%を超える高精度でロングリードシークエンスデータを得ることができます。

仕様

ご送付頂いたDNAサンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）からシークエンスまで実施いたします。
オプションでバイオインフォマティクス解析もご提供しています。

【ヒト / 動植物ゲノム解析】
・PacBio Revio DNA sequencing (Human / Plant / Animal)
内容 詳細 備考
PacBio HiFi ライブラリー調製 15K library -
PacBio Revio Sequencing Cell で受付
  1. HiFi リード限定。
  2. 水棲生物 / 昆虫由来のサンプルの場合は事前にご相談ください。
  3. メチル化サイトのデータは、5mC data (CpG モチーフの 5mC コール）のみ生成可能。
  4. 1 セルで複数サンプル同時解析は可能ですが、事前にご相談ください。
バイオインフォマティクス解析 SV の検出 -
SV+SNP+InDel の検出 -
・PacBio Sequel II/IIe DNA sequencing (Human / Plant / Animal)
内容 詳細 備考
PacBio HiFi library prep / sample 15K library -
PacBio Sequel II/IIe CCS Sequencing Cell で受付
  1. データ出⼒見込みは、ヒトのシークエンシングではセルあたり 25-32Gb HiFi リード、動植物のシークエンシングではセルあたり 20-25Gb HiFiリード。
    ＊海洋・水生関連種や昆虫種については、セルあたりのデータ出力量は保証できません。
  2. CCSモードでは、デフォルトで5mCデータ（CpGモチーフの5mCコール）のみが生成可能です。
  3. 複数のサンプルを1つのセルにプールする必要がある場合、1セルにプールできるのは同⼀症例から2-3サンプルまでです。別のお客様のサンプルを1つのセルにプールすることはありません。
サブリード生成 - CCS モードでは HiFi reads データのみを納品します。サブリード/サブリード＋HiFi リードが必要な場合は、別途有償にて対応いたしますので、お問合せください
【微生物ゲノム解析】
・PacBio Sequel II/IIe DNA sequencing (Bacteria / fungal / Metagenomimcs)
内容 詳細 備考
CLR library prep / sample バクテリア/真菌用の 10K library；メタゲノミクス用ライブラリーはサンプルの質に依存します。 -
PacBio Sequel II/IIe CLR Sequencing Gb 単位で受付 メタゲノミクスには 10Gb を推奨
バイオインフォマティクス解析 Bacteria / Fungi resequencing analysis リファレンスゲノムを用いたリシークエンス解析に対応。メタゲノム解析には対応していません。
・PacBio Sequel II/IIe 細菌ゲノムコンプリートマップ解析 / 真菌ゲノムファインマップ解析
内容 詳細 備考
Bacterial Genome Complete Map (de novo 解析) CLR ライブラリー調製、Sequel II/IIe シークエンス（100X Subreads)、De novo データ解析 -
Fungal fine map （de novo 解析）
- CLR モード		 CLR ライブラリー調製、シークエンス（200X subreads + 50X Illumina PE150）*、
データ解析*Xはゲノムサイズ（Mb)
  1. De novo データ解析
  2. ゲノムサイズ 20Mb 未満、20M～100Mb で価格が異なります。
Fungal fine map （de novo 解析）
- CCS モード		 HiFi ライブラリー調製、シークエンス（100X Hifi reads + 50X Illumina PE150)*、
データ解析*Xはゲノムサイズ（Mb）
  1. De novo データ解析
  2. ゲノムサイズ 20Mb 未満、20M～100Mb で価格が異なります。

納品物

  • サンプルQCレポート
  • リードデータ
  • バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
  • プロジェクトレポート
＊ USBメモリ / HDD等の記録メディアにて納品いたします。
＊ プロジェクトによって、納品物が変更される場合もあります。

サンプル条件

・ヒト / 動植物ゲノム解析
プラットフォーム サンプル種類 サンプル量（Qubit®） 純度
PacBio Sequel II/IIe HMW Genomic DNA/td> ≧30μg O.D.260/280=1.8-2.0
O.D.260/230=2.0-2.2
Fragments should be≧60Kb
PacBio Revio HMW Genomic DNA ≧9μg O.D.260/280=1.8-2.0
O.D.260/230=2.0-2.2
Fragments should be≧30Kb

・微生物ゲノム解析
プラットフォーム サンプル種類 サンプル量（Qubit®） 純度
PacBio Sequel II/IIe HMW Genomic DNA / Genomic DNA ≧10μg（濃度≧100ng/μL） O.D.260/280=1.8-2.0
no degradation, no contamination
Illumina Genomic DNA ≧1μg

1.　DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。（スクリューキャップ式を推奨します。）
2.　UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
3.　サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
4.　サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、あらかじめご了承ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

◆ヒト / 動植物ゲノム解析
・ PacBio Revio DNA sequencing (Human/Plant/Animal)
サービス名 価格（税抜） 型番
ヒト PacBio Revio
DNA シークエンシング受託解析サービス		 お問合せ F-Novo-HPBR-(サンプル数)-SC(cell数)
ヒト PacBio Revio
DNA シークエンシング受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付（SV）		 お問合せ F-Novo-HPBR-(サンプル数)-SC(cell数)＋D1
ヒト PacBio Revio
DNA シークエンシング受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付（SV+SNP+InDel）		 お問合せ F-Novo-HPBR-(サンプル数)-SC(cell数)＋D2
動植物 PacBio Revio
DNA シークエンシング受託解析サービス		 お問合せ F-APPBR-(サンプル数)-SC(cell数)
動植物 PacBio Revio
DNA シークエンシング受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付（SV）		 お問合せ F-APPBR-(サンプル数)-SC(cell数)-D1
動植物 PacBio Revio
DNA シークエンシング受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付（SV+SNP+InDel）		 お問合せ F-APPBR-(サンプル数)-SC(cell数)-D2
・PacBio Revio DNA sequencing (Human/Plant/Animal)
サービス名 価格（税抜） 型番
ヒト PacBio Sequel II/IIe (CCS)
DNA シークエンシング受託解析サービス		 お問合せ F-Novo-HPBS-(サンプル数)-SC(cell数)
ヒト PacBio Sequel II/IIe (CCS)
DNA シークエンシング受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付（SV)		 お問合せ F-Novo-HPBS-(サンプル数)-SC(cell数)-D1
ヒト PacBio Sequel II/IIe (CCS)
DNA シークエンシング受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付（SV+SNP+InDel）		 お問合せ F-Novo-HPBS-(サンプル数)-SC(cell数)-D2
動植物 PacBio Sequel II/IIe (CCS)
DNA シークエンシング受託解析サービス		 お問合せ F-Novo-APPBS-(サンプル数)-SC(cell数)
動植物 PacBio Sequel II/IIe (CCS)
DNA シークエンシング受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付（SV)		 お問合せ F-Novo-APPBS-(サンプル数)-SC(cell数)-D1
◆微生物ゲノム解析
・PacBio Sequel II/IIe DNA sequencing (Bacterial/fungal/Metagenomics)
サービス名 価格（税抜） 型番
微生物 PacBio Sequel II/IIe (CLR)
DNA シークエンシング受託解析サービス		 お問合せ F-Novo-BFMPBS-(サンプル数)-(データ量)G
微生物 PacBio Sequel II/IIe (CLR)
DNA シークエンシング受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付		 お問合せ F-Novo-BFPBS-(サンプル数)-(データ量)G-D
・PacBio Sequel II/IIe 細菌ゲノムコンプリートマップ解析/真菌ゲノムファインマップ解析
サービス名 価格（税抜） 型番
Bacterial Genome Complete Map 受託解析サービス お問合せ F-Novo-BGCM-(サンプル数)-D
Fungal fine map (CLR) 受託解析サービス お問合せ F-Novo-FFFMclr-(サンプル数)-gs(ゲノムサイズ)M-D
Fungal fine map (CCS) 受託解析サービス お問合せ F-Novo-FFFMccs-(サンプル数)-gs(ゲノムサイズ)M-D

【納期】
約2.5ヶ月～3ヶ月
＊ 納期は、QCチェック合格後となります。
＊ 年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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